Cuprins
- Lista abrevieri si definitii 3
- Introducere 4
- Capitolul I: Genomul mitocondrial - importanta în studiile de filogenie moleculara
- 1.1.Teoria endosimbiotica 6
- 1.2. Organizarea genomului mitocondrial 7
- 1.3 Gena care codifica pentru citocromul b, cit b - marker filogenetic 11
- Capitolul II: Familia Ciprinide - caracteristici morfologice si moleculare
- 2.1 Ordinul Cypriniformes 15
- 2.2. Familia Cyprinidae 15
- 2.3. Familia Cobitidae 20
- 2.4 Date moleculare privind sistematica si distributia ciprinidelor
- 2.4.1 Sistematica moleculara 25
- 2.4.2 Date biogeografice privind familia Cyprinidae 26
- Capitolul III: Alinierea secventelor si metode de construire a arborilor filogenetici
- 3.1 Prelucrarea secventelor de nucleotide
- 3.1.1 Diferente între secvente 29
- 3.1.2 Alinierea secventelor de nucleotide 30
- 3.2 Arbori filogenetici 32
- 3.2.1 Tipuri de arbori filogenetici – consideratii generale 33
- 3.2.2 Metode de construire a arborilor 34
- 1) Metode de distanta 35
- 2) Metode de maximum parsimony (MP) 38
- 3) Metode de maximum likelihood (ML) 40
- 3.2.3 Erori în realizarea arborilor filogenetici 41
- Capitolul IV: Materiale si metode
- 4.1 Izolare ADN 43
- 4.2 Determinarea spectrofotometrica a puritatii si concentratiei ADN genomic 44
- 4.3 Amplificarea ADN prin PCR (Polymerase Chain Reaction) 45
- 4.4 Verificarea electroforetica a reactiei PCR 53
- 4.5 Purificarea produsilor PCR 53
- 4.6 Secventierea fragmentelor ADN obtinute 55
- 4.7 Alinierea secventelor si construirea arborilor filogenetice 60
- Capitolul V: Rezultate si discutii
- 5.1 Cuantificarea concentratiei si verificarea puritatii ADN genomic izolat 61
- 5.2.Analiza fragmentelor dupa electroforeza în gel de agaroza 62
- 5.3.Alinierea secventelor din gena citb obtinute 66
- 5.4. Arbori filogenetici construiti pe baza secventelor obtinute 71
- CONCLUZII 76
- Anexe 78
- Bibliografie 91
Extras din proiect
Abrevieri si definitii
- Abrevieri
ADN – acid deoxiribonucleic
ADNmt – ADN mitocondrial
ARN – acid ribonucleic
ARNm – ARN mesager
ARNr – ARN ribozomal
ARNt – ARN de transfer (transport)
cyt b, cit b – gena pentru citocromul b
ME – minimum evolution
ML – maximum likelihood
MP – maximum parsimony
NJ – neighbor-joining
pb – perechi de baze (varianta kpb sau kb – kiloperechi de baze)
UPGMA – unweighted pair-group method using arithmetic averages
- Definitii
Arbore cu radacina – arbore filogenetic cu un singur nod de plecare care reprezinta cel mai recent stramos al tuturor speciilor pe care-l cuprinde
Arborii lipsiti de radacina – ilustreaza relatiile dintre noduri fara sa propuna un stramos
Clada – grup de organisme ai carui membrii detin trasaturi similare, care au provenit de la un stramos comun
Cladograma – arbore construit cu metode cladistice; prezinta bifurcatii, dar lungimea bratelor nu denota timpul
Cronograma (arbore ultrametric) – arbore filogenetic la care lungimea bratelor e direct proportionala cu timpul
Dendrograma – reprezentare schematica a unui arbore filogenetic
Filograma – arbore filogentic la care lungimea ramurilor denota numarul de modificari ale caracterelor
Grup monofiletic, monofilie - grup care contine o specie ancestrala si descendentii ei
Grup parafiletic, parafilie – clada care nu include toti descendentii ultimului stramos
Polifilie - grupuri de organisme cu stramosi diferiti, grupare filogenetica artificiala
Proteine omoloage – proteine ale caror gene au evoluat dintr-o gena ancestrala comuna si care sunt identificate prin descoperirea unor similitudini semnificative statistic la nivelul secventei de aminoacizi; este necesara o identitate de 30% pentru a se considera ca doua proteine sunt înrudite.
INTRODUCERE
Preocuparea omului pentru clasificarea lumii înconjuratoare dateaza din timpuri stravechi. Din punct de vedere stiintific, prima încadrare recunoscuta a speciilor apartine biologului suedez Carl von Linné (latinizat Linnaeus) care a încercat o caracterizare a lumii vii în lucrarea sa “Sistema naturae” în anul 1735. De atunci, universul nostru cognitiv a evoluat remarcabil si o seama de cercetatori au contribuit la extinderea cunostintelor noastre asupra lumii, iar felul în care s-a realizat clasificarea organismelor vii a variat considerabil. Astfel, daca Linné definea doua regnuri apartinând lumii vii – Animalia si Vegetabilia – în secolele urmatoare diversi cercetatori au propus clasificari diferite: Haeckel (1866) lua în considerare trei regnuri (Protista, Plantae si Animalia); Chatton (1937) facea distinctia între procariote si eucariote; Copeland a introdus o structura compusa din 4 regnuri (adaugând Monera la cele trei propuse de Haeckel), si în 1969 Whittaker distingea un al cincilea regn, Fungi. Mai târziu, Carl Woese, pe baza diferentelor existente la nivelul genelor pentru ARNr 16S, a propus întâi o împartire în sase regnuri (1977), împartind Monera în Eubacteria si Archaebacteria, iar apoi, în 1990 un sistem diferit de clasificare, bazat pe 3 domenii – Archaea, Bacteria si Eukarya.
În prezent, studiile taxonomice nu se mai limiteaza doar la o caracterizare morfologica exterioara, ci încep gradat sa puna un accent din ce în ce mai mare pe dovezi moleculare si fosile. Astfel, dupa 1953 - anul descoperirii structurii moleculei de ADN, o noua ramura, filogenia moleculara, a început sa încadreze organismele vii pe baza informatiei continute în genele conservate. Filogenetica (în acceptiunea greceasca a termenului phylon- trib, genetikos – legat de nastere) reprezinta studiul relatiilor de înrudire între diverse grupuri de organisme (specii, populatii), considerând ca acestea sunt interconectate în timp. Filogenia ia în discutie originea si evolutia unui grup de organisme (de obicei un grup de specii), iar o subdiviziune a acesteia - filogenia moleculara – propune în acest sens utilizarea moleculelor precum ADN, ARN sau
Preview document
Conținut arhivă zip
- Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae.doc