Banca datelor de proteine

Banca datelor de proteine este singura arhiva din lume de date structurale a macromoleculelor biologice.Aceasta hartie descrie scopurile PDB,

sistemul in lucru pentru depozitarea si acesul datelor, cum sa obtii informatii viitoare si cele mai apropiate planuri de developare a resurselor.

Introducere

PDB a fost stabilita in Laboratoare Nationale Brokkhaven (BNL) in 1971 ca o arhiva pentru structura cristalelor macromoleculare biologice. La inceput arhiva tinea sapte structuri

, cu fiecare an fiind depozitate tot mai multe informatii. In 1980 numarul de depozitarii ale structurilor au inceput sa creasca dramatic. Acest lucru s-a datorat improvizarii tehnologiei cu toate aspectele

procesului cristalografic,in plus structurile au fost determinate de metoda rezonantelor magnetice nucleare ( NMR) si schimba vizulaizarea comunitatii despre schimbul de date. La inceputul anului 1990 majoriatea jurnalelor cerute de PDB

un cod de acces si cel putin o agentie fundatoare ( Institutul National si General Medical Stiintific) adopta orientari publicate de Uniunea Internationala de Cristalografie (IUCr) care necesita depozitari a datelor pentru toate structurile.

Modul de aces la PDB date s-a schimbat in timpul anilor ca rezultat a tehnolgiilor imbunatatite, in special disponibilitatea a WWW inlocuieste locul de distributie exclusiv prin intermediul mass-media magnetic.In continuare, necesitatea de a

analiza data diverse seturi necesar devopment a sistemelor moderne de gestionare a datelor.Utilizarea initiala a PDB au fost limitate la un grup mic de experti implicati în cercetare structurale.

Astazi deponentilor la PPB au expertiza în diferite tehnici de raze in determinarea structurii cristaline.

Utilizatorii sunt un grup foarte divers de cercetatori în biologie, chimie si oameni de stiinta in calculatoare, educatori, si studenti la toate nivelurile. Initiativa imensa de date, în curând sa fie alimentata de initiativa genomica structurala,

precum si recunoasterea sporita a valorii datelor fata de întelegerea functiei biologica, cererea de noi modalitati de a colecta, organiza si de a distribui datele.

Achizitii de date si prelucrare

O componenta cheie in a crea arhiva publica de informare este cea de captare eficienta a datelor- prelucrare a datelor.

Prelucrarea datelor consta în depunerea de date, adnotare si de validare. Acesti pasi sunt parte a sistemului complet documentate si integrat de prelucrare a datelor prezentate in figura 1.

În actualul sistem de date pot fi transmise prin e-mail sau prin instrumentul de intrare AutoDep dezvoltat de RCSB.

ADIT, care este de asemenea folosit pentru a procesa intrarile, este construit pe partea de sus a dictionarului mmCIF, care este o ontologie de termeni 1700 care definesc structura macromoleculare si experimentul cristalografice si un program de prelucrare a datelor numit Maxit (Schimb macromolecular de intrare ).

Acest sistem integrat ajuta la asigurarea ca datele prezentate sunt în concordanta cu dictionarul mmCIF care defineste tipurile de date, enumera game de valori admisibile în cazul în care este posibil si descrie relatiile între valorile admisibile de date.

Dupa ce o structura a fost depusa cu ajutorul ADIT, un identificator de PPB este trimis automat si imediat autorului.(pasul 1)

Aceasta este prima etapa de informatii cu privire la structura ce este încarcata în baza de date de baza interne. Mentiunea este apoi adnotata asa cum este descris în sectiunea de validare de mai jos.

Mentiunea este apoi adnotata asa cum este descris în sectiunea de validare de mai jos. Acest proces presupune folosirea ADIT pentru a ajuta la diagnosticarea erorii sau neconcordante în fisiere.

Mentiunea complet adnotata asa cum va aparea în resursa PPB, împreuna cu informatiile de validare, este trimis înapoi catre deponent.(pasul 2)

Dupa analizarea dosarului prelucrat,autorul trimite orice revizuire.(pasul 3). În functie de natura acestor revizuiri, pasurile 2 si 3 ar putea fi repetate.

o data ce aprobare este primit de la autorul (pasul 4) de intrare si de tabelele din baza de date de baza interne sunt gata pentru distribuire.

schema de baza a acestei baza de date este un subset al schemei conceptuale specificat de dictionarul mmCIF.

Toate aspectele de prelucrare a datelor, inclusiv de comunicatii cu autorul, sunt înregistrate si stocate în arhiva de corespondenta.

Acest lucru face posibil pentru personalul în PDB a primi informatii cu privire la orice aspect al procesului de depunere si sa monitorizeze îndeaproape eficienta.